So wie der Kirchenbau aus Alt und Neu besteht, so sind auch die Fenster aus verschiedenen Epochen. Im Altarraum entdecken Sie farbige Fenster aus der Zeit um 1892. Zu erkennen sind die vier Evangelisten, sowie das Nordfenster mit Jakobus. Alle Fenster sind aus der Werkstatt Franke in Naumburg/S.
Das Ostfenster zeigt die Himmelfahrt Christi. Dieses Fenster geht auf einen Entwurf August Oetkens zurück und ist 1907 geschaffen worden.
Im Kirchenschiff dagegen flutet das Licht durch fast weiße Fenster.
Im Jahr 2014 konnten die Fenster erneuert werden. Günter Grohs, Wernigerode, hat die Wellenbewegung des Fußbodens aufgenommen und in der Gestaltung der Fenster aufleuchten lassen. Während hier noch eine Unruhe zu spüren ist, ein Hin- und Hergeworfensein, findet das Licht (und die Seele) im Wasser des Taufbrunnens und im Wellenspiel des Fußbodens Ruhe und fast ein Gleichmaß.
So sind beide Elemente, Fenster und Fußboden, ein Sinnbild für die Taufe.
Die Fenster der St. Petri-Pauli-Kirche